研究院拥有四个研究所，分别是环境健康研究所（闫兵团队）、界面微观过程与水净化研究所（胡春团队）、环境大分子材料研究所（王平山团队）、环境微生物与水污染控制研究所（洪义国团队）。各研究所立足于珠江三角洲水质安全与保护教育部重点实验室，研究领域相互独立又有机统一，共同致力于环境系统中污染物的迁移转化过程与风险控制技术等科学问题的研究和解决。
